Pertama kali tempat suci dibangun untuk memperingati kemartiran adalah pada abad kelima, ketika Permaisuri Eudocia memprakarsai pembangunan sebuah struktur di lokasi basilika saat ini, sebuah kapel yang didedikasikan untuk Santo Stefanus, di mana dia akhirnya dikuburkan. Dengan kedatangan Persia pada tahun 614 dan pengepungan Yerusalem setelahnya, kapel tersebut dihancurkan.
Pada tahun 638, sebuah gereja kecil dibangun oleh Santo Sophronius, kemudian dipulihkan dan diperbesar oleh Tentara Salib, namun kemudian dihancurkan sendiri, jangan sampai jatuh ke tangan Sultan Saladin.
Pada abad kesembilan belas Dominikan Perancis memperoleh situs reruntuhan kuno Tentara Salib, dan setelah penggalian arkeologi membangun biara dan basilika saat ini, yang ditahbiskan pada tahun 1900.
^Sebag Montefiore, Simon (25-10-2011). Yerusalem: Biografi. Knopf Doubleday Publishing Group. ISBN9780307594488.Parameter |bahasa= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan); Periksa nilai tanggal di: |date= (bantuan)