Ia kembali ke Belanda pada tahun 1885 karena menderita sakit. Namun Eijkman dikontak A.C. Pekelharing dan C. Winkler yang menjalankan laboratorium di Batavia (kini Jakarta) untuk menyelidiki kasus beriberi yang mewabah di Hindia Belanda. Sebelum meninggalkan Batavia, mereka meminta Gubernur Jenderal Hindia Belanda untuk membuat Rumah Sakit Militer Batavia itu sebagai laboratorium permanen bernama Geneeskundig Laboratorium dan Eijkman sebagai direktur pertama.
Penelitian terkenal Eijkman ialah menemukan penyebab beri-beri, yaitu karena kekurangan bahan penting dalam makanan pokok orang Hindia Belanda. Bahan kaya nutrisi itu terdapat di pericarpium-kulit ari beras. Penemuan ini mengarahkan ilmuwan pada konsep vitamin. Ternyata kulit ari beras mengandung vitamin B. Hal ini membuatnya memenangkan Hadiah Nobel Fisiologi atau Kedokteran tahun 1929 bersama Gowland Hopkins.
Kematian
Christiaan Eijkman meninggal di Utrecht karena sakit kronis.