Universitas ini dimulai dengan berdirinya mahasiswa teologi Foglizzo Canavese pada tahun 1904, yang pada tahun 1923 dipindahkan ke Torino. Universitas ini secara kanonik didirikan oleh Kongregasi bagi Pendidikan Katolik dengan dekrit tanggal 3 Mei 1940 (Prot. N. 265/40) dengan judul resmi Pontificio Ateneo Salesiano (bahasa Latin untuk 'Salesian Pontificial Athenaeum' ). Selama Perang Dunia Kedua, siswa dan guru dipindahkan ke rumah Salesian di Bagnolo Piemonte.[1]
Pada tahun 1958, Athenaeum Kepausan Salesian pindah ke Roma. Pada tanggal 24 Mei 1973, Paus Paulus VI menyetujui gelar barunya Pontificia Studiorum Universitas Salesiana (Universitas Kepausan Salesiana) dengan motu proprioMagisterium vitae. Pada tanggal 8 Desember 1986, Departemen Pastoral dan Kateketika Pemuda dibentuk berdasarkan kesepakatan antara Fakultas Teologi dan Pendidikan.[1]
Pada tahun 2012, Fakultas Ilmu Komunikasi Sosial mulai menawarkan kepada para imam Katolik (yang, berdasarkan studi imamat mereka, memiliki gelar Sarjana Filsafat atau Teologi) gelar Magister Komunikasi Pastoral selama tiga tahun yang mencakup satu tahun. Sarjana Komunikasi.
Pada tanggal 10 Oktober 2006, Kardinal Tarcisio Bertone, pada tahun pertamanya sebagai Kardinal Sekretaris Negara, memberikan homili di sana untuk merayakan pembukaan tahun ajaran baru.[2]