Yohanes dikenal atas kerja samanya bersama Santa Teresa Avila dalam mereformasi Ordo Karmel, dan untuk tulisannya; baik puisinya dan penelitiannya tentang pertumbuhan roh (dalam pandangan Kristen tentang terlepasnya roh dari diri manusia dan melekat kepada Allah) dianggap sebagai puncak literatur Mistikus Spanyol.
Kehidupan
Masa muda dan pendidikan
Pada masa kanak-kanaknya, ia hidup di berbagai desa Castilia, dan terakhir di Medina del Campo; ia pindah ke sana pada 1551. Di sana ia belajar humaniora di sebuah sekolah Yesuit sejak 1559 hingga 1563, dan kemudian masuk ke Ordo Karmel, mengambil nama Br. Juan de Santo Matía.
Pada tahun berikutnya (1564) ia mengambil sumpah sebagai seorang anggota Ordo Karmelit dan pindah ke Salamanca; di sana ia belajar di Universitas dan di Colegio de San Andrés. Masa tinggalnya itu memengaruhi semua tulisannya di kemudian hari, ketika Fray Luis de León mengajarkan studi Alkitab (Eksegesis, bahasa Ibrani dan Aram) di Universitas. León adalah salah satu pakar paling terkemuka dalam studi Alkitab saat itu dan telah menulis sebuah terjemahan yang penting dan kontroversial dari Kidung Agung ke dalam bahasa Spanyol. (Penerjemahan Alkitab ke dalam bahasa setempat pada waktu itu dilarang di Spanyol).
Imamat dan hubungannya dengan Santa Teresa de Jesús
Santo Yohanes ditahbiskan menjadi imam pada 1567. Pada tahun yang sama itu ia berjumpa dengan St. Teresa dari Avila (Santa Teresa de Jesús), yang segera mengajaknya ikut serta dalam proyek-proyek pembaruannya untuk Ordo Karmelit, termasuk pembaruan di antara para brudernya. Tahun berikutnya pada 28 November, ia memulai pembaruan ini di Duruelo bersama-sama dengan Br. Antonio de Jesús de Heredia. Pada tahun-tahun berikutnya, hingga 1577, ia bekerja sebagai pembantu dari Santa Teresa, mendirikan biara-biara di sekeliling Spanyol, dan ikut aktif di dalam pengaturannya. Dasar-dasar dan peroses pembaruan ini ditentang oleh banyak bruder Karmelit. Para pengikut St. Yohanes dan St. Teresa membedakan diri mereka dari komunitas-komunitas yang tidak diperbarui dengan menyebut diri mereka Karmelit "si kaki telanjang", atau biasa disebut Ordo Karmel Tak Berkasut (OCD).
Dipenjarakan, tulisan-tulisan, kematian, dan pengakuan
Pada malam 3-4 Desember 1577 ia dipenjarakan oleh kaum berkasut di Toledo. Di sana ia ditawan oleh sebuah rezim yang brutal dan dicambuk di muka umum sekurang-kurangnya seminggu sekali, dan mengalami isolasi berat. Ia melarikan diri pada 15 Agustus 1578. Ia menyusun bagian terbesar dari puisinya yang paling terkenal Kidung Rohani pada masa ia dipenjarakan; penderitaannya serta pergumulan rohaninya semua tecermin dalam tulisan-tulisannya di kemudian hari.
Setelah kembali ke kehidupan yang normal, St. Yohanes melanjutkan upaya pembaruannya serta mendirikan biara-biara hingga kematiannya pada tanggal 14 Desember1591.
St. Yohanes dari Salib: Cetakan kedua - 2011 (Edisi Revisi). "Malam Gelap". Terjemahan Indonesia, Penerbit Karmelindo. ISBN 979-3725-22-2
St. Yohanes dari Salib: Cetakan pertama - 2011; "Mendaki Gunung Karmel"; Terjemahan Indonesia oleh Sr. Angelica Maria, P.Karm.; Penerbit Pertapaan Shanti Bhuana; ISBN 978-979-3799-16-2
Santo Yohanes dari Salib: 2005. "Nyala Cinta Yang Hidup". Terjemahan Indonesia, Penerbit Karmelindo