Ingresó en 1981 al Ministerio Público y al poco tiempo fue trasladado a Pucallpa para investigar casos de narcotráfico. En 1984, fue designado como adjunto del fiscal provincial José Mejía Chahuara en el caso de la matanza de cincuenta campesinos en Pucayacu, ejecutada por el capitán de corbeta AP Álvaro Artaza Adrianzén, conocido como «Comandante Camión».
Avelino Guillén jugó un papel fundamental en la sentencia de 25 años contra el expresidente peruano Alberto Fujimori por las masacres de Barrios Altos y La Cantuta. En mérito a sus intensos treinta años de lucha contra la corrupción y la impunidad, recibió en el 2009 el Premio Nacional de Derechos Humanos “Ángel Escobar Jurado” de la Coordinadora Nacional de Derechos Humanos.[2]
El 16 de septiembre de 2021 fue víctima de acoso, insultos y terruqueo en un supermercado del distrito de San Borja por parte del grupo extremista La Resistencia. El ataque fue difundido en un vídeo por redes sociales.[7][8][9]
Ministro del Interior
Posteriormente, el presidente Pedro Castillo lo nombró ministro del Interior tras la renuncia de Luis Barranzuela, cargo al que juró el 4 de noviembre de 2021.[10] Renunció de manera irrevocable al Ministerio el 28 de enero de 2022 tras sus discrepancias por la permanencia del entonces comandante general de la Policía, Javier Gallardo, y la falta de respuesta por parte del presidente.[11]
Controversias
Archivamiento de caso de interceptación telefónica
Según declaraciones de Vladimiro Montesinos, él junto a Avelino Guillén y el entonces fiscal de la Nación Pedro Méndez Jurado sostuvieron coordinaciones que tuvieron como resultado que Guillén archivara el proceso de investigación contra el coronel Huamán, y otros miembros del Servicio de Inteligencia Nacional (SIN), en un caso de interceptación telefónica.[12]