Fue segregado del Ducado de Oświęcim, cuando después de once años de gobierno conjunto los hijos del Duque Casimiro I en 1445 finalmente se dividieron los territorios entre ellos, por lo que el hijo mayor Venceslao recibió el territorio alrededor de la ciudad de Zator. La fragmentación del ducado continuó después de la muerte de Venceslao en 1468, cuando en 1474 sus hijos Casimiro II y Venceslao II así como Jan V y Vladislao de nuevo dividieron el territorio de Zator en dos a lo largo del río Skawa.
Después de la muerte de Casimiro II en 1490, no obstante, ambas partes del ducado fueron reunificadas, y en 1494 Jan V como el último hermano sobreviviente, se convirtió en el único gobernante. Como el propio Jan no tenía herederos, decidió en el mismo año vender el ducado al rey Juan I Alberto de Polonia, bajo la garantía que permanecería como duque hasta su muerte. Jan fue asesinado en 1513 y Zator fue unificado con Polonia. En el Sejm general de 1564, el rey Segismundo II Augusto emitió privilegios de incorporación reconociendo ambos ducados de Oświęcim y Zator como parte de la Corona Polaca dentro del Condado silesio del Voivodato de Cracovia, aunque el rey polaco retuvo ambos títulos ducales y el nombre del Ducado sobrevivió en las actas legales (no tenía, no obstante, privilegios especiales).
Los territorios del antiguo Ducado pasaron a formar parte de la Monarquía de los Habsburgo después de la Primera Partición de Polonia en 1772. Como parte de la Galicia austríaca, Zator y Oświęcim de 1818 a 1866 pertenecieron a la Confederación Germánica. Hasta 1918, el emperador de Austria también se autotitulaba "Duque de Zator" como parte de su gran título oficial.