Felipe Mac Gregor era huérfano tempranamente, fue criado por sus tías, estudiando en los colegios San José de los Hermanos Maristas, San Vicente de Paul, y San José de los PP. Jesuitas. En 1931 ingresó al noviciado de la Compañía de Jesús en Córdoba (Argentina).
Se ordenó como sacerdote el 23 de diciembre de 1944 en Buenos Aires. Luego se graduaría en Filosofía en la Universidad de Fordham (Nueva York).
Fue durante su gestión que esta casa de estudios alcanzó su desarrollo físico y la potenciación de sus posibilidades, con el traslado de sus instalaciones al Fundo Pando (Distrito de San Miguel), en terrenos donados por don José de la Riva-Agüero y Osma.
Director fundador y Rector del Instituto por la Paz. Nombrado Provincial de los jesuitas del Perú entre 1958 y 1962.
Ejerció como presidente de la UDUAL (Unión de Universidades de América Latina y el Caribe) en 1975 y 1976.
Desde 1980 fue Presidente de la Asociación Peruana de Estudios e Investigación para la Paz, y desde 1990 presidió el Instituto por la Paz. La UNESCO le entregó el año 2000 la Medalla Gandhi, por haber introducido el concepto "Cultura de la Paz".
Complejo Felipe Mac Gregor S.J.
El 13 de noviembre del 2008 se inauguran los edificios del complejo arquitectónico R.P. Felipe Mac Gregor en la Pontificia Universidad Católica del Perú en el distrito de San Miguel.