Comenzó su labor pastoral con la Juventud Obrera Católica (JOC). Fue asesor arquidiocesano y nacional, lo que marcó su vida para siempre. En enero de 1963, fue nombrado párroco de San Cayetano y en el mes de junio de 1964, párroco de Apóstol Santiago, ambas parroquias con población obrera. Cuando aceptó el nombramiento de vicario episcopal de la Zona Oeste de Santiago, ya estaba predestinado a recibir pronto el cargo de obispo.
Obispo
El 25 de mayo de 1967, fue elegido obispo titular de Timici y obispo Auxiliar del cardenal Raúl Silva Henríquez, arzobispo de Santiago, por el papaPablo VI. La consagración episcopal se realizó en el santuario de la Zona Oeste, en la basílica de Lourdes, el 9 de julio de 1967, por el mismo cardenal Silva Henríquez. Como lema episcopal, eligió la palabra de Cristo en castellano: Para que tengan Vida y la tengan en abundancia (Jn 10, 10).
Le tocó vivir una época difícil no solamente por la aplicación de los grandes fracasos del Concilio Vaticano II que se pusieron en marcha a través del VIII Sínodo de Santiago en los años 1967 a 1968, sino también por los cambios políticos en el país del año 1970 en adelante. Supo desempeñar el rol de un verdadero amigo y padre de su clero, respetando los diferentes carismas y manteniendo la unión en medio de corrientes muy contrarias. Siempre fue capaz de mostrar metas más altas en medio de la contingencia del diario vivir.
En octubre de 1973, fue nombrado copresidente del Comité Pro Paz, organismo ecuménico creado para dar protección y acogida a los perseguidos por la dictadura militar.
Carta a Pinochet
El 18 de septiembre de 1973, don Fernando envió una carta al general Pinochet, denunciando la aparición de numerosos cadáveres en el río Mapocho, y la posibilidad de que hubieran sido ejecutados.
Santiago, 18 de septiembre de 1973
Presente
Señor General:
En “El Mercurio” de hoy 18 de septiembre, aniversario de nuestra independencia nacional, y día en el cual se oró por la reconciliación de los chilenos, leí con agrado la declaración a los periodistas en que llamaba a que se “borren los resquemores”.
En la misma página también venía una declaración del ministro secretario general del Gobierno, el coronel Edwin Hodar, en la que se afirmaba que el número de civiles, víctimas fatales de los sucesos de estos días eran solamente de 72 personas entre ellos 3 o 4 fusilados.
Yo habito, Señor General, en una Población obrera de la Comuna de Las Barrancas, en Herminda de la Victoria. En mi población, como en las Poblaciones vecinas, no ha existido ninguna resistencia armada a las fuerzas militares. Sin embargo, en estos días, en el Río Mapocho que bordea estas Poblaciones han aparecido numerosos cadáveres, en número mayor de veinte, de los que han sido testigos centenares de pobladores, hombres, mujeres y niños. Presentan heridas a balas. No ha habido ningún combate en estos sectores, por lo cual no podemos liberarnos del pensamiento que hayan sido fusilados.
Algunos de estos cadáveres para que no sean comidos por los perros han sido, en un gesto fraternal, enterrados por los mismos pobladores en las tierras que bordean el Río. Otros están todavía en el Mapocho; junto al Puente de Resbalón se les puede ver. Entre ellos se podía reconocer por las ropas a un empleado del Hospital San Juan de Dios. Conocí personalmente a uno de los muertos, un extranjero, brasileño, que había llegado solamente el 6 de este mes para buscar a su esposa que se encuentra en Chile desde hace tres meses en tratamiento médico. Él no era un extremista, pero fue denunciado por el pecado de ser brasileño, llevado al Estadio Nacional y desde allí sacado para ser fusilado en estos lugares; tengo documento, Señor General, para probar su llegada a Chile. Tal vez esta muerte sea por error, pero es muy triste morir por equivocación.
Creo en la veracidad del deseo del Señor General, para llegar a una pacificación de los chilenos, y es por esto que con dolor le hago ver estos hechos que no tienden precisamente a liberar a los trabajadores de sus resquemores, y que, comprendo perfectamente, no estén en conocimiento del Señor Presidente de la Junta de Gobierno. Es mi deber dárselos a conocer.
Fernando Ariztía Ruiz
Obispo Auxiliar de Santiago
Traslado a Copiapó
Cuando el obispo Carlos Camus de Copiapó fue elegido obispo de la Linares, en 1976, Pablo VI trasladó al obispo Auxiliar de Santiago a Copiapó, nombrándolo administrador apostólico sede plena de la diócesis de Copiapó, el 14 de diciembre de 1976, y en este mismo mes tomó posesión de la diócesis. Le tocó participar en la III Conferencia General del CELAM en Puebla, México, en 1979. También le tocaron cuatro visita “ad limina” en los años 1979, 1984, 1989 y 1994.
Últimos años de vida
A cumplir los 75 años de edad presentó a la Santa Sede su renuncia a la diócesis, petición que fue aceptada por el papa Juan Pablo II. Pero quería entregar también sus últimos años al pastoreo en la viña del Señor. En la Diócesis de Osorno encontró la Parroquia Jesús Obrero que atendió como párroco entre los años 2000 y 2003. Cuando se le declaró su enfermedad incurable quiso volver a la diócesis de Copiapó, donde ejerció su misión de buen pastor durante 25 años, para morir en medio de los suyos. Allá puso su vida en las manos de su Creador el 25 de noviembre de 2003. Entre los suyos espera el día de la resurrección.
Una vez le fue diagnosticado un cáncer al hígado en 2003, Monseñor Ariztía quiso regresar a Copiapó, donde ejerció su misión de buen pastor durante 25 años. Aprovechó sus últimos meses de vida para despedirse de amigos, discípulos y fieles de la Dióscesis, recorrió las comunas de Vallenar, Copiapó, Alto del Carmen entre otras comunas informando su enfermedad y despidiéndose de todos, la gente se despidió de "Don Fernando" entre lagrimas.
Tal fue el impacto del fallecimiento de Monseñor Ariztía el 25 de noviembre de 2003, que el propio presidente de la República, Ricardo Lagos Escobar, varios ministros de Estado y el Comandante en Jefe del Ejército de la época, cambiaron sus agendas y asistieron a su funeral en Copiapó.
Más de diez mil personas repletaron las calles de la capital de Atacama, para despedir al pastor de los pobres y al que alzó la voz por todos los chilenos en plena dictadura militar, cuando muchos no tenían voz.
El último deseo de "Don Fernando" como cariñosamente le llamaban los fieles de Atacama a Monseñor Ariztía, fue dar una vuelta por la Plaza de Copiapó y que a su funeral llevaran alimentos para los pobres. Sus restos descansan en el mausoleo de la Catedral de Copiapó.