Desde 1557, estaba casado en secreto con Philippine Welser,[1] hija de un patricio de Augsburgo, con la que tuvo varios hijos. El matrimonio, finalmente, fue aprobado por el emperador Fernando I en 1559 bajo la condición de que fueran discretos. Los hijos ostentaron el apellido de Austria, y fueron reconocidos en la línea de sucesión, pero solo para el caso de que todos los varones legítimos de la Casa de Habsburgo fallecieran con anterioridad.
Después de la muerte de su padre en 1564, Fernando obtuvo mediante el testamento paterno la soberanía sobre Tirol y el Vorlande (Vorarlberg, Brisgovia, Burgau y otros). Pero permaneció, a deseo de Maximiliano II, todavía hasta 1567 como gobernador de Bohemia en Praga.
En sus propios estados ayudó Fernando a la apertura de la contrarreforma católica y como amigo de las artes puso el fondo para la célebre colección Ambraser. Esta importante "sala de arte y prodigios" (una Cámara de Arte y Curiosidades, muy apreciadas por soberanos y estudiosos en los siglos XVI y XVII) la sostuvo y construyó ya en su época de gobernador de Bohemia conjuntamente para ello en el palacio de Ambras. Sobre todo su galería de retratos y su colección de armaduras eran de gran valor y el archiduque incluso se endeudó para ello. Estas colecciones son ahora parte del ya citado Palacio de Ambras, del museo Ferdinandeum de Innsbruck y del Kunsthistorisches Museum en Viena.
El archiduque Fernando murió el 24 de enero de 1595. A causa del acuerdo de exclusión hereditaria sus hijos no eran herederos legítimos y así Tirol devino nuevamente después de su muerte a la línea principal de los emperadores del Sacro Imperio, siendo sucedido por su sobrino Rodolfo II.
↑también conocida como Filipina o Felipa Welser: Federmann, Nicolaus; Schmidel, Ulrich (1985). Lorenzo E. López y Sebastián, ed. Alemanes en América. Madrid: Historia 16. p. 19.