En octubre de 1989, fue nombrado subdirector de la sede de El Cairo del Instituto Arqueológico Alemán. A partir de entonces sería responsable del servicio de publicaciones del instituto y de las excavaciones de Abidos.
En 1997 se publicó su tesis de habilitación: Das prädynastische Königsgrab U-j in Abydos und seine frühen Schriftzeugnisse (La tumba predinásticaU-j de Abidos y los más antiguos entre los testimonios escritos sobre ella ). En ese mismo año, asumió la dirección de las excavaciones de Elefantina.
En noviembre de 1998, fue nombrado director de la sede cairota del instituto, cargo que desempeñaría hasta su jubilación en el 2008.
Continuaría con los trabajos de Abidos, y comenzaría a dirigir las excavaciones de la cantera-necrópolis de Guiza, que se llevarían a cabo en 2002 y en 2003. También a partir de 2002, dirigiría las de las tumbas reales de la II Dinastía en Sacara.
En 2008, Dreyer se jubiló, y fue sustituido por Stephan Seidlmayer en 2009. No obstante, Dreyer continuaría con las excavaciones y con las investigaciones.[6]
1986: Der Tempel der Satet (El Templo de Satet). 1: Die Funde der Frühzeit und des Alten Reiches (Los hallazgos correspondientes al Período Arcaico y al Reino Antiguo).
2007 (edición con Daniel Polz): Begegnung mit der Vergangenheit. 100 Jahre in Ägypten (Encuentro con el pasado: 100 años en Egipto). Instituto Arqueológico Alemán. El Cairo.
↑HÖBER-KAMEL, Gabriele: Ägyptologenprofil: Günter Dreyer (Datos de un egiptólogo: Günter Dreyer); en la revista Kemet.[2] Heft (Cuaderno) 4, 2008. Berlín. Pág. 65. En alemán.