Peralta llegó a la Ciudad de México en una atmósfera tensa. Uno de sus primeros actos debía quitar la artillería y los soldados que habían sido fijados en el palacio virreinal y en las calles principales de la ciudad.[4]
Durante su gestión abrió un hospital para ancianos, inválidos, convalecientes y locos. El 26 de mayo de 1567 pronunció una Ordenanza, conocida como la Ordenanza del Marqués de Falces, que establecía un área de protección a la tierra de los indios y que se considera el primer antecedente del Fundo legal en México
Acusado de animosidad en su contar por los oidores, se le retiró a la Metrópoli; estas acusaciones fueron comunicadas al monarca español Felipe II en una carta. Alarmado, el rey envió a dos visitadores, Luis Carrillo y al LicenciadoAlonso de Muñoz, a la Nueva España para investigar los casos. Ellos le ordenaron al virrey Peralta regresar a España para explicar su conducta, pero después fue residenciado y absuelto.
Poseía los títulos de marqués de Falces, conde de Santisteban de Lerín y barón de Marcilla, fue el primero a quien se le dio en la Nueva España el tratamiento de Excelencia.
Murió en Valladolid en 1587.[5] Uno de sus hermanos lo fue Juan de Peralta y Bosquet, tronco de los Peralta de Andalucía, Costa Rica, El Salvador y California, rama de los marqueses de Peralta.