Sucedió a su padre como duque de Anhalt el 13 de septiembre de 1918. Pero debido a su minoría de edad, su tío el príncipe Ariberto de Anhalt fue elegido regente. Su breve reinado llegó a su fin el 12 de noviembre de 1918 con su tío abdicando en su nombre tras la Revolución alemana. El ducado se convirtió en el Estado Libre de Anhalt.
El duque Joaquín Ernesto murió en el campo de concentración de Buchenwald como prisionero de la Unión Soviética. Tras su muerte, la jefatura de la Casa Ducal de Anhalt estuvo disputada entre su hijo mayor, el príncipe Federico (Friedrich), y su hermano, el príncipe Eugenio (Eugen).[1][2]
Matrimonios e hijos
El duque Joaquín Ernesto se casó dos veces: la primera vez con Elisabeth Strickrodt (1903-1971) en 1927, pero se divorciaron en 1929. Contrajo segundas nupcias con Editha Marwitz von Stephani (1905-1986) en el castillo de Ballenstedt en 1929. Tuvo descendencia con su segunda esposa: