La aerolínea se fundó en 1932 como una división de Aeroflot para la provincia de Kuban. Inicialmente operaba aviones Polikarpov Po-2 , que ofrecían vuelos a Sochi, Armavir, Rostov del Don, Beloréchensk, Yeisk y Maikop. Para 1938 la aerolínea contaba ya con 60 Polikarpov Po-2, 2 Yakovlev Yak-6 y un Pr-5. Durante la Segunda Guerra Mundial, los pilotos de la mayoría de las divisiones de Aeroflot fueron llamados al combate, entre ellas los pilotos de Aeroflot-Kuban. Al final de la guerra, en 1946, se volvió a la normalidad en las operaciones aéreas civiles, llegando ese mismo año el primer Lisunov Li-2 para la aerolínea. Dos años más tarde los Li-2 fueron sustituidos por los más modernos Ilyushin Il-14, con mayor cantidad de asientos y menor consumo de combustible. No fue sino hasta 1960 cuando la pista del Aeropuerto de Krasnodar fue finalmente pavimentada para poder recibir a los nuevos Ilyushin Il-18 y los jets Tupolev Tu-104, por lo que finalmente de podría operar vuelos directos hacia Moscú desde Krasnodar. En 1964 se realizó una renovación en la terminal del aeropuerto, por lo que se empezaron a enviar los primeros Antonov An-24 a Aeroflot-Kuban. En 1984 se inauguró la segunda pista del aeropuerto, mientras que empezaron a llegar los primeros Tupolev Tu-154 a la ciudad.
Boeing 737-300 con el nuevo esquema de colores de la aerolínea
En 1993, tras la caída de la Unión Soviética, la división de Aeroflot en la provincia de Kuban se separó y empezó a operar como una aerolínea independiente. Tras la separación, la aerolínea operaba 3 Tupolev Tu-154, 2 Antonov An-24, 1 Antonov An-26 y 8 Yakovlev Yak-42. En el 2000 la aerolínea adquirió 4 Yakovlev Yak-42 adicionales, elevando su flota de estos aparatos a 12. En 2006 la aerolínea puso fin a su sociedad con el Aeropuerto Internacional de Krasnodar y adquiere tres Tupolev Tu-154M3 para complementar su flota. Las estadísticas de 2006 indican que tras la adquisición de nuevos aparatos la aerolínea transporto a 600.000 pasajeros, un 12,7% con respecto al año anterior. En 2009 la aerolínea retira 5 de sus 6 Tupolev Tu-154, sus Antonov An-24 y su Antonov An-26, a la vez que aquiria 3 Boeing 737-300 de la compañía británica BmiBaby.[1] En agosto de 2010, la aerolínea firmó un acuerdo de fusión con la aerolínea de bajo coste SkyExpress, en el cual todas las rutas, aviones y empleados de SkyExpress pasarían a manos de Kuban Airlines.[2] En el 2011 la fusión se hizo efectiva y la aerolínea transporto 9.400 pasajeros, un 35% más que en 2010, esto debido a la fusión.[3]
Actualmente Kuban Airlines figura entre las 20 aerolíneas más importantes de Rusia, esto debido a su importante crecimiento en los últimos 3 años y la ampliación de su red de destinos. Kuban Airlines tiene dos accionistas principales, el gobierno ruso, que posee un 51% de la compañía, y los empleados que poseen el 49% restante.[4]
