En 1179 recibió el Genpuku y recibió el título de Jugoi y de chambelán. Hacia 1180 fue promovido a Shōgoi, a Jushii en 1183, a Shōshii en 1184 y a Jusanmi en 1185. También en 1185 fue nombrado vicegobernador de la provincia de Harima, en 1186 fue promovido a Shōsanmi, en 1187 como Junii y en 1188 como Shōnii. Con la muerte repentina de su hermano mayor Kujō Yoshimichi en 1188, su padre Kanezane lo nombró heredero de la familia Kujō. En 1189 fue promovido a Gonchūnagon y en el mismo año a Gondainagon, hacia 1190 fue nombrado por el Emperador Go-Toba como Chūgū no Daibu o chambelán de su hermanastra Kujō Ninshi de Taike Mon In, Emperatriz Chūgū del Emperador Go-Toba y en 1195 fue nombrado como Naidaigon.
Sin embargo, en 1196 surgió dentro de la Corte Imperial una facción contraria a la influencia del poder de Kanezane y sus hijos, dirigida por Takashina no Eishi y Minamoto no Michichika y ocurrió el Golpe del año siete de Kenkyū, pero fue suprimida poco después y sus conspiradores fueron confinados al exilio o a la reclusión.
Yoshitsune fue promovido a Sadaijin en 1199, luego a Nairan en 1202 y en ese mismo año como Sesshō (regente) del Emperador Tsuchimikado. Hacia 1204 fue promovido a Juichii y como Daijō Daijin (Canciller del Reino), pero renunciaría en 1205. En 1206 sería asesinado en su habitación, a la edad de 38 años. Se tuvo como sospechoso a Sugawara no Tamenaga y se cree que su asesinato tuvo como razón las relaciones discordantes entre Yoshitsune y el shogunato Kamakura, aunque nunca se pudo aclarar el caso.