Con la capitulación italiana en el conflicto y subsiguiente ocupación del territorio por parte del Tercer Reich, Rupnik asumió la administración del régimen organizado por los nazis en la provincia, (Pokrajinska uprava)[7] en la segunda quincena de septiembre de 1943.[n. 1] Con una autonomía igualmente limitada —una mera herramienta de las fuerzas de ocupación alemanas—[4] fue el principal arquitecto de la milicia domobranci que combatió a los partisanos yugoslavos, vertebrando las diferentes milicias anticomunistas preexistentes, ya activa el 23 de septiembre.[9]
En 1944 sería designado formalmente en la posición ceremonial de inspector general de la milicia antipartisana.[7] Sin embargo, y a pesar del cargo de inspector general, no llegó a tener control real sobre la actividad de la milicia, montada en colaboración con Erwin Rösener.[10] La retórica de sus escritos y discursos durante la ocupación nazi estuvo impregnada de antisemitismo, situando a los judíos como patrocinadores del bolchevismo.[11] En los últimos estertores de la Segunda Guerra Mundial abandonó Liubliana el 5 de mayo de 1945, huyendo a Austria.[12]
Las tropas británicas, ante quienes los que habían huido a la Carintia austríaca se habían rendido en mayo de 1945,[13] devolvieron a Rupnik al ejército yugoslavo; una vez conducido de vuelta a Liubliana,[14] fue sometido a juicio, condenado a muerte y ejecutado en septiembre de 1946.[15]
Bresadola, Gianmarco (2004). «The Legitimising Strategies of the Nazi Administration in Northern Italy: Propaganda in the Adriatisches Küstenland». Contemporary European History13 (4): 425-451. doi:10.1017/S0960777304001882.
Frank, Cham (2010). En: Hans-Christian Petersen y Samuel Salzborn (Eds.). Antisemitism in Eastern Europe: History and Present in Comparison (Fráncfort del Main: Peter Lang). ISBN978-3-631-59828-3. ISSN1866-783X.
Jankovič Potočnik, Aleksander; Tonić, Vladimir; Perpar, Mateja (2012) [2010]. Fortifying Europe's Soft Underbelly: The Rupnik Line, the Vallo Alpino and Other Fortifications of the Ljubljana Gap. Bennington: Merriam Press. ISBN978-0-557-19099-7.
——— (2008). «Answering Vlasov’s Call: Memory and Slovene Perceptions of the Osttruppen, 1945». East European Politics and Societies (SAGE Publications) 2 (2). ISSN0888-3254. doi:10.1177/0888325408315762.
——— (2010). «Propaganda and the Partisan War in Ljubljana 1943–45 233». En: Ben Shepherd y Juliette Pattinson (Eds.). War in a twilight world: partisan and anti-partisan warfare in Eastern Europe, 1939–45 (Palgrave Macmillan). ISBN978-0-230-57569-1.