En 2007 tuvo su primer contrato como profesional ya que el equipo Scott-Marcondes se registró en la UCI como equipo Continental. Ganó una etapa de Vuelta por un Chile Líder y terminó en tercer lugar. En Brasil, ganó la etapa contrarreloj de la Vuelta del Estado de San Pablo y la clasificación general, pero fue descalificado después de un control antidopaje positivo. Fue suspendido hasta diciembre de 2007 y tuvo que interrumpir su temporada.
En 2010 retornó al Scott-Marcondes y en febrero, ganó una nueva contrarreloj en Rutas de América (Uruguay), y finalizó segundo en la general.
En agosto de ese año la UCI suspendió la licencia profesional del equipo por problemas económicos[2] y Nazaret volvió al equipo de Pindamonhangaba, ahora de categoría continental y renombrado Funvic-Pindamonhangaba,[3] con quién logró ganar la contrarreloj del Tour do Brasil/Volta do Estado de Sâo Paulo[4] y culminó 2.º en la clasificación general. En 2011 por primera vez se coronó campeón de Brasil contrarreloj.
La temporada 2012 ha sido la más fructífera, donde comenzó con una buena actuación en enero en el Tour de San Luis, donde culminó en la sexta posición de la general y fue 5.º en la contrarreloj y 6.º en la etapa con final en alto en el Mirador del Sol.[5][6][7]
En marzo obtuvo por segunda vez la medalla de plata en el Campeonato Panamericano de Ciclismo, siendo superando por el argentino Matías Médici.[8] Un mes después, Nazaret ganó su primer carrera internacional, la Vuelta del Uruguay, donde fue clave para la victoria el triunfo en la contrarreloj.[9][10] En junio, se reveló que Médici había dado positivo de EPO en febrero, compitiendo en Rutas de América. Debido a ello se le retiraron los resultados obtenidos posteriormente, con lo cual Magno Nazaret se proclamó Campeón Panamericano de Contrarreloj 2012.[11]