Fue hijo del exmilitar y parlamentario José Manuel Pinto Arias y María Candelaria Flora Agüero Asenjo.
Siguió la carrera de las armas, como su padre y llegó al grado de General. Ingresó a la Escuela Militar en 1866 y en 1871, se incorporó en calidad de Alférez, al Regimiento Granaderos a Caballo, de guarnición en la frontera. Ascendió a Teniente en 1874.
Guerra del Pacífico
Declarada la Guerra del Pacífico en 1879, fue nombrado ayudante en comisión y organizó el Batallón Cívico "Salinas" en Antofagasta. Se encontró en el bombardeo de Antofagasta, en Pisagua, San Francisco, Tacna y las batallas de Chorrillos y Miraflores. Ascendió a Mayor, en el combate de San Francisco y a Teniente Coronel, después de Tacna. En 1881, repuesto de sus heridas en batalla, emprendió la campaña contra los montoneros en Junín y Cerro de Pasco. Al terminar la contienda, se le confirieron los despachos de Coronel de Ejército en 1884.
Carrera luego de la guerra
En 1890 fue intendente de Cautín y a fines de ese año, se le designó adicto militar de la Legación de Chile en Brasil; no fue a cumplir el cargo y durante la Guerra Civil de 1891 se mantuvo fiel al Presidente José Manuel Balmaceda, quien lo designó Comandante de la División de Valparaíso y Jefe del Estado Mayor de la Plaza. En esos cargos se batió en los combates de Concón y Placilla. Después de la derrota, sufrió persecuciones y encarcelamiento, para luego ser borrado de los registros del Ejército.
