El Parque Nacional del Lago Malaui se encuentra en los distritos de Mangochi, en el sur de Malaui, y de Salima, en la región central, a 14°02′S, 34°53′E y, con una área de 9.400 ha, incluye la península de Nankumba, en el extremo sur del lago, una docena de islas, las montañas Mwenya y Nkhudzi y una zona acuática hasta 100 m de la costa. El parque fue proclamado el 24 de noviembre de 1980, la mayor parte del área ya estaba considerada reserva forestal y algunas de las islas fueron protegidas desde 1934.
Es un lago único en el mundo por formar una provincia biogeográfica específica, con cerca de 400 especies de cíclidos descritas endémicas (cerca de 30% de todos los cíclidos conocidos en el mundo) y probablemente muchas todavía por describir. Se estima que tenga una edad entre uno y dos millones de años. Toda vez que se encuentra en una región tropical y es muy profundo, el lago está permanentemente estratificado, con un epilimnio más caliente sobre un hipolímnio más frío. El nivel del agua varía con las estaciones del año y tiene también un ciclo de larga duración, con los niveles más altos en años recientes, desde que existen registros.