El 2 de noviembre de 1987, un tramo de río de 184 km fue declarado como río salvaje y paisajístico nacional. El 23 de octubre de 1992 se añadió un segundo tramo de solamente 12,8 km.
Cascadas Vernal
Cascadas Vernal en el Parque Nacional de Yosemite
Valle del Río Merced
Modificaciones del río
Presa derivadora de Cascades antes de su remoción en la década de 1990
A pesar de su estatus parcial como río nacional salvaje y escénico, el río Merced tiene muchas presas y desviaciones de riego. La presa New Exchequer es la presa más grande del río y forma el lago McClure, que contiene 1.032.000 acres-pie (1.273 × 109 m³) de agua para riego, control de inundaciones y generación de energía hidroeléctrica. Esta estructura moderna fue precedida por la antigua presa de Exchequer que formaba el antiguo embalse de Exchequer de 281.000 acres-pies (347.000.000 m³). La antigua presa de arco de hormigón, terminada en 1926, se inundó cuando se construyó la nueva presa de relleno de roca con revestimiento de hormigón en 1967, pero ocasionalmente reaparece durante períodos de poca agua.[1][2]
Aguas abajo de la presa New Exchequer se encuentra la presa McSwain, que sirve como compartimento de carga de regulación para la presa New Exchequer y también genera energía.[3] Debajo de esta presa se encuentra la presa Merced Falls, una presa derivadora de riego. La más baja, la presa derivadora de Crocker-Huffman, fue construida en 1906 y bloquea completamente el paso de peces anádromos por el río Merced. En conjunto, estas derivaciones eliminan casi la mitad del caudal natural del río Merced y una proporción aún mayor durante los años secos.[2]