Discurre por el centro de Siberia en dirección sur-norte. La mayor parte del río es navegable, salvo entre noviembre y mayo que permanece helado. Su curso superior es turbulento, lo que ha sido aprovechado para la construcción de centrales hidroeléctricas, destacando las presas de Sayán y Krasnoyarsk.
La transcripción al español más correcta es Yeniséi o, en todo caso, Yenisey, aunque es frecuente encontrar en diversos atlas y textos algunas transcripciones poco correctas: Ienisei, Jenisej o Jenisei.
El sistema fluvial del río Yeniséi es uno de los mayores del mundo, y si se considera el sistema Yeniséi-Angará-Selengá-Ideriín ocupa el 5.º por longitud y el 8.º por área de cuenca. Los principales afluentes del sistema se recogen en la tabla que sigue, ordenados aguas abajo esto, desde la fuente a la desembocadura (la tabla no está completa).
El río Yeniséi y sus afluentes (de más de 200 km y primarios destacados)
↑El río Yeniséi tiene una longitud de 4093 km, aunque se suele considerar dividido en tramos, siendo la parte alta el Yeniséi Superior, que a su vez se forma por la unión del Gran Yeniséi (Bolshói Yeniséi) y el Pequeño Yeniséi (Maly Yeniséi). El río Angará tiene 1779 km, y une el lago Baikal con el curso medio del río Yeniséi. El mayor afluente del lago Baikal es el río Selengá, con una longitud de 992 km. El río Ideriin, que discurre ya por Mongolia, con 452 km, es el más largo de los dos ríos que originan el río Selengá. El sistema total Yeniséi—Angará—lago Baikal—Selengá—Ider tiene 5539 km.
↑Este tramo, conocido como Yeniséi Superior, tiene una longitud de 1480 km
↑El río Tubá se forma por la confluencia del río Amyl y el río Kazyr-Kizir. Con su fuente el río Kazyr, tiene una longitud total de 507 km.
↑El Taséyeva tiene solamente 116 km, pero con una de sus fuente, el río Chuná, alcanza los 1319 km.
↑El río Chunya tiene solamente 727 km, pero con una de sus fuentes, el Chuna del Norte, alcanza los 908 km
↑El río Khantai drena el lago Pequeño oeste, y a través de este, el también homónimo lago de Khantai. Considerando todas sus fuentes, supera los 300 km.