El río recibe este nombre por el color oscuro de sus aguas. Tiene una longitud total de 57 km si se considera solo su curso paraguayo, siendo la continuación del río Bambural el que por su parte antes de divagar por los bañados de Otuquis recibe como principales afluentes al río Tucavaca y al río San Rafael que bajan desde la Serranía de Santiago, con más precisión desde las inmediaciones del cerro Chochis en plena Chiquitania, de este modo si se considera el sistema fluvial río Negro-Bambural-Tucavaca la longitud total es de aproximadamente 400 km.