También es el copropietario y cofundador junto a su hermano, el también futbolista Aarón Ñíguez, del club de fútbol base ilicitano Club Costa City.[4]
Tras estar varios años con los juveniles, Saúl debutó con el primer equipo atlético en la temporada 2011-2012 en el partido de ida de los dieciseisavos de final de la Europa League frente al club turco Beşiktaş JK, disputado en el Estadio Vicente Calderón el día 8 de marzo de 2012, con una victoria rojiblanca por 3-1.[6][7] Precisamente esa Europa League sería el primer título que logró con el Atlético.
Para la siguiente temporada 2012-13, Saúl alternó los entrenamientos con el primer equipo y el filial colchonero, llegando a disputar algunos partidos de la Liga, la Copa del Rey y Europa League. Tendría su debut como madrileño en Primera División el 21 de abril de 2013 ante el Sevilla Fútbol Club tras sustituir a Koke en la victoria a domicilio por 0 a 1.
Cesión al Rayo Vallecano
En la temporada 2013-2014 y tras realizar gran parte de la pretemporada con el club rojiblanco, se acordó su cesión al Rayo Vallecano hasta el final de la temporada dentro de la operación de traspaso de Leo Baptistao al Atlético.[8] Su debut con el club franjirrojo se produjo el 19 de agosto de 2013 en la victoria del Rayo por 3 goles a 0, precisamente ante el equipo de su ciudad natal, el Elche Club de Fútbol, correspondiente a la primera jornada del Campeonato de Liga. Meses después, el 24 de noviembre anotaría su primer gol en Primera División ante el RCD Espanyol. Saúl fue una de las piezas claves en la consecución de la permanencia, en una temporada en la que con Paco Jémez como entrenador, jugaríq en las posiciones de defensa central y mediocentro.[9]
Regreso al Atlético
Saúl jugando con el Atlético de Madrid en 2017.
Tras jugar cedido en el Rayo Vallecano, sus buenas actuaciones propiciaron el regreso de vuelta al Atlético de Madrid para la temporada 2014-2015 y la renovación de su contrato 5 años después hasta 2019.[10] Comenzó como titular en el partido de ida de la Supercopa de España frente al Real Madrid en el Bernabéu. El partido terminó con un empate a uno y en el partido de vuelta, en el que Saúl participó como suplente, el Atlético ganó uno a cero proclamándose así campeón de la Supercopa. El 16 de septiembre debutó en Liga de Campeones en la primera jornada de la competición. Entró al campo en el minuto 75 en sustitución de Mario Suárez, en la derrota por tres a dos ante el Olympiacos en el Estadio Georgios Karaiskakis. El 27 de septiembre, anotó su primer gol con la camiseta rojiblanca en la sexta jornada del Campeonato de Liga frente al Sevilla F. C., un partido que terminó con victoria colchonera de cuatro a cero.[11] Su primer gol en un derbi llegaría el 7 de febrero de 2015, un gol de chilena, en un partido en el que el Atlético ganó por cuatro a cero en el Calderón.[12] En su primera temporada completa en el equipo de Simeone fue un jugador importante en la rotación, por lo que acabó renovando su contrato hasta 2020.[13]
En la temporada 2015-16 se consolidó en el equipo titular, saliendo de inicio en 40 de los 48 partidos que disputó, además de marcar nueve goles. El 27 de abril vivió su mejor momento con el gol que anotó ante el Bayern Múnich en el partido de ida de semifinales de la Liga de Campeones tras una brillante acción individual, que ayudó al equipo madrileño a alcanzar la final.[14] El 28 de mayo de 2016 fue titular en la final de la Liga de Campeones que acabó en derrota en la tanda de penaltis ante el Real Madrid, no obstante, Saúl anotó su lanzamiento.[15]
En la campaña 2016-17 mantuvo su estatus de titular y volvió a repetir cifra goleadora, con nueve tantos. En la ida de octavos de final de la Liga de Campeones inauguró el marcador ante el Bayer Leverkusen con un gran gol desde una esquina del área. En la vuelta de cuartos de final marcó de cabeza ante el Leicester en el King Power Stadium y ayudó al equipo a superar la eliminatoria por 2-1.[16] El 10 de mayo marcó de cabeza en la victoria por 2-1 ante el Real Madrid en la vuelta de semifinales de la Liga de Campeones, si bien, el equipo cayó eliminado por un global de 4-2.[17] El 1 de julio de 2017 se anunció su renovación hasta el año 2026, aumentando su cláusula de rescisión hasta los 150 millones de euros.[18]
En su cuarta temporada, conquistó la Liga Europa tras superar al Olympique Marsella en la final por 3-0.[19] A diferencia de 2012, Saúl fue titular en la final y durante casi todo el torneo, además de lograr tres goles en la segunda competición continental.[20] Por otro lado, alcanzó los 200 partidos oficiales con el club rojiblanco en el partido ante el Arsenal disputado el 3 de mayo en el Wanda Metropolitano.[21] Inició la siguiente temporada logrando la Supercopa de Europa ante el Real Madrid por 2-4, anotando el 2-3 en el minuto 98 de la prórroga con un disparo de volea.[22]
Nuevas cesiones
Saúl con el Chelsea F. C. en 2021.
El 1 de septiembre de 2021, minutos después del cierre del periodo de traspasos, el Chelsea F. C. anunció su llegada como cedido con una opción de compra incluida.[23] Jugó 23 partidos, anotando un gol en la FA Cup contra el Luton Town F. C., y el 8 de junio el conjunto londinense comunicó que iba a volver al Atlético de Madrid.[24]
Siguió otras dos temporadas en el equipo colchonero, en las que alcanzó la cifra de 427 partidos, algo que previamente solo habían hecho otros seis jugadores, y en julio de 2024 volvió a ser cedido un año, esta vez al Sevilla F. C.[25]
El 8 de septiembre logró su primer gol con la selección en la Liga de Naciones y el primero de la etapa de Luis Enrique como seleccionador, en la victoria por 1 a 2 ante Inglaterra en Wembley.[31] El 11 de septiembre abrió el marcador en el Estadio Martínez Valero de Elche, con un remate de cabeza, en una contundente victoria por 6 a 0 ante Croacia.[32]