Fundado en 1917, compitió durante las primeras décadas de existencia en las categorías regionales, con la excepción de la temporada 1967-68 en que militó en la Tercera División. Acabó descendiendo como penúltimo, en un grupo conjunto entre equipos santanderinos, vizcaínos y el C. D. Villosa de Álava.
Ha disputado seis ediciones de la Copa del Rey, llegando a tercera ronda en dos ocasiones, como mejores resultados. Se ha enfrentado a clubes con pasado en Primera División, casos del C. D. Málaga en 1991, Unió Esportiva Lleida en 1993, Real Oviedo en 2005 o el Sevilla Fútbol Club en 2020.[1] Todos ellos eliminaron al Escobedo. Y el equipo de mayor categoría al que han eliminado fue al Málaga C. F., en 2019, en aquella temporada los malaguistas militaban en la Segunda División. En una eliminatoria a partido único y con lleno absoluto en el "Eusebio Arce", el cuadro escobés venció por 2-0, goles de Quintanilla y Dalisson.[2]
