La vegetación de estepa yesosa y los albardinales y juncales halófilos son hábitats de protección especial en Castilla-La Mancha (Anejo 1 de la Ley 9/1999 de Conservación de la Naturaleza). Las lagunas artificiales de Monreal, de propiedad privada, son objeto de un convenio para la preservación de la avifauna acuática, consecuencia del Plan de Recuperación de la Malvasía cabeciblanca o común (Oxyura leucocephala) (Decreto 183/1995). Además, incluye la microrreserva “Área crítica de 'Vella pseudocytisus subsp. pseudocytisus'”, que cuenta con un plan de recuperación.[4]
En cuanto a fauna, los yesares de la margen izquierda acogen, en los cortados fluviales, una importante población nidificante de halcón peregrino. En el área incluida dentro de la provincia de Cuenca se encuentra la cueva de Montrueque, con poblaciones de varias especies de quirópteros cavernícolas; estas también se pueden encontrar en la cabecera del arroyo Cedrón. El espacio también incluye las lagunas artificiales de Dehesa Monreal, en Dosbarrios, que acogen poblaciones de malvasía y otras aves acuáticas. Por su parte, en las zonas llanas, donde se alternan cultivos de secano y estepa yesosa, alberta poblaciones de aves esteparias, principalmente ortega y alcaraván.[2]