Bratkowski fu scelto dai Chicago Bears nel corso del secondo giro del Draft NFL 1953 e con essi rimase per 5 stagioni. Successivamente passò ai Los Angeles Rams per tre anni prima di firmare coi Green Bay Packers di Vince Lombardi per fungere da riserva al grande Bart Starr. Durante i suoi anni a Green Bay fu nominato "Uncle Zekie" (zio Zekie). Divenne il sostituto ideale e talvolta partì come titolare nell'era dei campionati vinti da Lombardi.
Nella finale della Western Division contro i Baltimore Colts del 1965, Bratkowski sostituì l'infortunato Bart Starr e guidò i Packers alla vittoria per 13-10[2], coi Packers che quell'anno vinsero il titolo battendo in finale i Cleveland Browns il 2 gennaio 1966.
Dopo la sua carriera da giocatore, Zeke fu assistente allenatore dei Packers nei periodi 1969-'70 e 1975-'81. Allenò anche Browns, Rams, Jets e Eagles, ritirandosi nel 1996.
^(EN) Zeke Bratkowski, National Polish-American Sports Hall of Fame. URL consultato il 16 febbraio 2013 (archiviato dall'url originale il 17 maggio 2013).
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