ChIP-sequencing

Schematische weergave van het ChIP-sequencing protocol

ChIP-sequencing of ChIP-seq (van het Engelse chromatin immunoprecipitation sequencing) is moleculaire laboratoriumtechniek die het mogelijk maakt om DNA-bindingsplaatsen van een specifiek eiwit in kaart te brengen.[1] De methode combineert chromatine-immunoprecipitatie (ChIP) met high-throughput DNA-sequencing. Met deze kan nauwkeurig worden vastgesteld op welke locaties in het genoom bepaalde transcriptiefactoren, chromatine-eiwitten of epigenetische merkers aanwezig zijn.

Bij een ChIP-seq-experiment worden cellen doorgaans eerst gefixeerd zodat interacties tussen DNA en eiwitten gecross-linked raken. Vervolgens wordt het chromatine gefragmenteerd en worden DNA-eiwitcomplexen met een specifiek antilichaam geïmmunoprecipiteerd. Na het verwijderen van de eiwitten wordt het meegezuiverde DNA gesequenced en vergeleken tegen een referentiegenoom.[2]

Histonmodificaties

ChIP-seq is bijzonder geschikt om te bepalen waar in het genoom een bepaalde histonmodificatie voorkomt. Een histonmodificatie is een chemische verandering (acetylatie, methylatie, etc) aan histoneiwitten, de eiwitten waaromheen DNA in de celkern is gewikkeld. Een bekende modificatie is histonacetylatie, die vaak geassocieerd wordt met een opener chromatinestructuur en verhoogde genexpressie.[3] Histonmodificaties vormen een belangrijk onderdeel van de epigenetica.

Met antilichamen tegen bijvoorbeeld H3K27ac of H3K4me3 kunnen actieve enhancers of promotors worden gelokaliseerd.[4]

Zie ook

Referenties

  1. ↑ (en) Park PJ. (2009). ChIP–seq: advantages and challenges of a maturing technology. Nature Reviews Genetics 10 (10): 669-680. DOI: 10.1038/nrg2641.
  2. ↑ (en) Furey TS. (2012). ChIP–seq and beyond: new and improved methodologies to detect and characterize protein–DNA interactions. Nature Reviews Genetics 13 (12): 840-852. DOI: 10.1038/nrg3306.
  3. ↑ (en) Karlić R, Chung H, Lasserre J, Vlahoviček K, Vingron M. (2010). Histone modification levels are predictive for gene expression. Proceedings of the National Academy of Sciences 107 (7): 2926-2931. DOI: 10.1073/pnas.0909344107.
  4. ↑ (en) Beacon TH, Delcuve GP, López C, Nardocci G, Kovalchuk I, Van Wijnen AJ, Davie JR. (2021). The dynamic broad epigenetic (H3K4me3, H3K27ac) domain as a mark of essential genes. Clinical Epigenetics 13 (1). DOI: 10.1186/s13148-021-01126-1.

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.