Hi-C

Overzicht van de Hi-C-technologie en toepassingen

Hi-C (van high-throughput chromosome conformation capture) is een techniek in de moleculaire biologie waarmee de driedimensionale organisatie van het genoom (chromatine) in de celkern kan worden onderzocht. De techniek brengt in kaart welke DNA-gebieden fysiek dicht bij elkaar liggen in het kernplasma. Zo kan worden getest hoe chromosomen zich vouwen en organiseren binnen de nucleus. Deze ruimtelijke organisatie speelt een belangrijke rol in genregulatie en processen zoals DNA-reparatie.

De techniek is gebaseerd op het cross-linken van interacterend chromatine met formaldehyde. Het gefixeerde DNA wordt vervolgens gefragmenteerd, en de resulterende stukken (loci) worden aan elkaar geligeerd. Zo ontstaat een bibliotheek van 'chimere' DNA-fragmenten die overeenkomen met de oorspronkelijke contactpunten in het genoom. Na high-throughput sequencing en bio-informatische analyse kunnen contactkaarten (spatial maps) worden opgesteld die inzicht geven in de frequentie van interacties tussen verschillende genomische gebieden.[1]

De techniek werd geïntroduceerd in 2009.[2] De techniek is toegepast om celmechanismen als celdeling en transcriptionele regulatie op te helderen. Ook in de context van genoomevolutie en fundamenteel onderzoek naar ziekten als auto-immuniteit en kanker is Hi-C toegepast.[3][4]

Zie ook

Referenties

  1. ↑ (en) Belton J, Mccord RP, Gibcus JH, Naumova N, Zhan Y, Dekker J. (2012). Hi–C: A comprehensive technique to capture the conformation of genomes. Methods 58 (3): 268-276. DOI: 10.1016/j.ymeth.2012.05.001.
  2. ↑ (en) Lieberman-Aiden E, Van Berkum NL, Williams L, Imakaev M, Ragoczy T, Telling A, Amit I, et al. (2009). Comprehensive Mapping of Long-Range Interactions Reveals Folding Principles of the Human Genome. Science 326 (5950): 289-293. DOI: 10.1126/science.1181369.
  3. ↑ (en) Burren OS, Rubio García A, Javierre B, Rainbow DB, Cairns J, Cooper NJ, Lambourne JJ, et al. (2017). Chromosome contacts in activated T cells identify autoimmune disease candidate genes. Genome Biology 18 (1). DOI: 10.1186/s13059-017-1285-0.
  4. ↑ (en) Díaz N, Kruse K, Erdmann T, Staiger AM, Ott G, Lenz G, Vaquerizas JM. (2018). Chromatin conformation analysis of primary patient tissue using a low input Hi-C method. Nature Communications 9 (1). DOI: 10.1038/s41467-018-06961-0.

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.