Open Tree of Life
| Open Tree of Life | ||||
|---|---|---|---|---|
| Eigendom en doelgroep | ||||
| Type | Biodiversiteit database | |||
| Registratie | Optioneel | |||
| Locatie en taal | ||||
| Taal | Engels | |||
| Tijdlijn | ||||
| Status | Actief | |||
| Opgericht | September 2015 | |||
| Links | ||||
| link | ||||
| ||||
Open Tree of Life is een online fylogenetische stamboom - een gezamenlijke inspanning, gefinancierd door de National Science Foundation.[1][2] Het eerste ontwerp, dat 2,3 miljoen soorten bevatte, werd in september 2015 uitgebracht.[3]
Met de interactieve grafiek kan de gebruiker inzoomen op taxonomische classificaties, fylogenetische bomen en informatie over knooppunten opvragen. Bij individuele soorten worden ook de bron- en referentietaxonomie getoond.
Aanpak
Het project maakt gebruik van een "superboom"- aanpak waarbij een enkele fylogenetische stamboom wordt samengesteld uit een combinatie van kleinere fylogenetische bomen. Deze stamboom (te zien op tree.opentreeoflife.org[4]) wordt gegenereerd op basis van een uitgebreide taxonomie en een samengestelde set van gepubliceerde fylogenetische schattingen.
De taxonomie is een combinatie van verschillende grote classificaties die door andere projecten zijn geproduceerd; het is gemaakt met behulp van een softwaretool genaamd "smasher".[5] De resulterende taxonomie wordt een Open Tree Taxonomy (OTT) genoemd en kan online worden bekeken.[6]
Geschiedenis
Het project is in juni 2012 gestart met een driejarige NSF-prijs voor onderzoekers van tien universiteiten. In 2015 is aan onderzoekers van drie instellingen een tweejarige aanvullende prijs toegekend.
Zie ook
- ↑ (en) Hinchliff, C. E., Smith, S. A., Allman, J. F., Burleigh, J. G., Chaudhary, R., Coghill, L. M., Crandall, K. A., Deng, J., Drew, B. T., Gazis, R., Gude, K., Hibbett, D. S., Katz, L. A., Laughinghouse, H. D., 4th, McTavish, E. J., Midford, P. E., Owen, C. L., Ree, R. H., Rees, J. A., Soltis, D. E., Williams, T., Cranston, K. A. (oktober 2015). Synthesis of phylogeny and taxonomy into a comprehensive tree of life. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 112 (41): 12764–9. PMID: 26385966. PMC: 4611642. DOI:10.1073/pnas.1423041112.
- ↑ (en) Assembling, Visualizing, and Analyzing the Tree of Life. National Science Foundation (NSF). Geraadpleegd op 11 februari 2016.
- ↑ (en) Pennisi, Elizabeth, First comprehensive tree of life shows how related you are to millions of species. Science Magazine (21 september 2015). Geraadpleegd op 24 juni 2020.
- ↑ (en) Opentree. Gearchiveerd op 27 juni 2020. Geraadpleegd op 24 juni 2020.
- ↑ (en) Rees, Jonathan A., Cranston, Karen (2017). Automated assembly of a reference taxonomy for phylogenetic data synthesis. Biodiversity Data Journal 5 (5): e12581. PMID: 28765728. PMC: 5515096. DOI:10.3897/BDJ.5.e12581.
- ↑ (en) Open Tree taxonomy: cellular organisms. tree.opentreeoflife.org. Geraadpleegd op 27 juni 2020.
Content Disclaimer
Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.
- The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
- There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
- It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
- Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
- Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.