Een pathogeen, ook ziektekiem genoemd, is een ziekteverwekker van biologische oorsprong, die na het binnendringen van een gastheer, en na zich vervolgens binnen die gastheer vermenigvuldigd te hebben, in de gastheer een infectieziekte kan veroorzaken. Het gaat daarbij om een micro-organisme in de vorm van een bacterie, schimmel of parasiet - protozoa en kleine ongewervelden, of om een biologisch deeltje in de vorm van een virus of prion.

Pathogenen worden in de medische microbiologie bestudeerd en kunnen, op grond van de mate waarin zij pathogeen zijn, worden ingedeeld, zowel wat betreft hun besmettelijkheid als wat betreft hun virulentie.

Pathogenen die overdraagbaar zijn door intermenselijk contact kunnen, door een exponentiële toename van het aantal geïnfecteerde, besmettelijke individuen, leiden tot een epidemie in een populatie, of zelfs tot een wereldwijde pandemie. Daarbij kunnen sommige individuen besmettelijke, asymptomatische dragers zijn van een pathogeen, die zich na infectie in de gastheer heeft vermenigvuldigd, zonder dat de gastheer ziek wordt. Voorbeelden van pathogenen die een pandemie veroorzaakten zijn de pestbacterie en het coronavirus.

• Obligate pathogenen zijn parasieten die hun levenscyclus niet kunnen voltooien zonder geschikte gastheren.
• Facultatieve pathogenen behoren tot de normale microbiële huid- en darmflora, en veroorzaken pas problemen bij een verstoring van het natuurlijk evenwicht, bijvoorbeeld door de inname van antibiotica of door verzwakking van het immuunsysteem. Een voorbeeld is het in de darmen aanwezige gist Candida albicans.
• Bacteriën hebben een slechte naam, maar de meeste bacteriën zijn niet pathogeen: de commensalen.

• prionen - geen levende organismen, maar ingewikkelde eiwitten die ziekten veroorzaken
• virussen - ook geen levende organismen; veroorzaken ziekte doordat ze gastheercellen infecteren, die daarna veel nieuwe virusdeeltjes gaan produceren
• micro-organismen
  • bacteriën
  • eencellige dieren
  • schimmels
• wormen

Geleedpotigen die ziekten kunnen veroorzaken, zoals de schurftmijt, haarfollikelmijt, hoofdluis, schaamluis, worden meestal niet tot de pathogenen gerekend.

Pathogenen worden op verschillende wijzen overgedragen:

• via de lucht, door middel van aerosol, uitgeniesde druppeltjes zoals in het geval van het griepvirus, of door fomieten.
• via vectoren, bijvoorbeeld de mug die de malariaparasiet overdraagt.
• door oppervlakkig of intiem lichaamscontact, de belangrijkste besmettingsroute van verkoudheid is door middel van handenschudden.
• door gedeelde injectienaalden, of door uitwisseling van lichaamsvloeistoffen, zoals in het geval van hiv.
• door de inname van besmet water of besmet voedsel, bijvoorbeeld bij buiktyfus.
• door contact met een open wond, zoals bij tetanus.
• van dier op mens en van mens op mens.

Om verspreiding van een infectieziekte, en een eventuele daaruit voortvloeiende epidemie te voorkomen, moet eerst bekend zijn hoe die ziekte zich verspreidt:

• Het Panamakanaal kon pas worden gerealiseerd nadat men erachter kwam dat de malaria die de arbeiders velde, door muggen werd verspreid. Dankzij de inzet van horren, klamboes en insecticiden, verdween het probleem met de malaria bijna helemaal.
• De verspreiding van bijvoorbeeld aids kan inmiddels worden ingedamd, nu de wijze van overdracht of besmetting met het aidsvirus bekend is, namelijk via het bloed en seksueel contact.

Algemene maatregelen in het belang van de hygiëne zijn tegen veel ziekteverwekkers effectief.

Als bijvoeglijk naamwoord betekent pathogeen in de geneeskunde 'ziekteverwekkend' in de breedste zin van het woord. Zo zijn bijvoorbeeld vergiften geen pathogenen, maar zijn ze wel ziekmakend/pathogeen.

• Porte d'entrée