EcoRII

Struktura dimeru EcoRII

EcoRII (wym. [eko er dwa]) – endonukleaza wyizolowana ze szczepu R245 pałeczki okrężnicy, gdzie jest składnikiem układu modyfikacji restrykcyjnych. Ma masę cząsteczkową 42,5 kDa i zbudowana jest z 402 aminokwasów[1].

Mechanizm działania

EcoRII jest endonukleazą restrykcyjną typu IIE[2], oddziałującą z dwiema[3] lub trzema[4] kopiami pseudopalindromowej sekwencji dwuniciowego DNA, gdzie jedna z nich jest substratem cięcia, a pozostała (pozostałe) służy jako aktywator allosteryczny. Przy cięciu DNA enzym tworzy końce lepkie. Rozpoznawana i cięta jest sekwencja 5'-NN▼CCWGGNN-3' (nić komplementarna 3'-NNGGWCC▲NN-5', gdzie W to A lub T, a N oznacza dowolny nukleotyd)[5].

Struktura

Na podstawie badań rentgenograficznych poznana została struktura enzymu z rozdzielczością 2,1 Å[6]. Monomer enzymu zawiera dwie domeny: N-końcową i C-końcową połączone rejonem zawiasowym w postaci pętli.

Domena wiążąca efektor

N-końcowa domena wiążąca sekwencje efektorowe (aktywatorowe) ma archetypowy motyw pseudobaryłki z wyraźną bruzdą. Symulacje przestrzenne wykazały, że jest to motyw ewolucyjnie spokrewniony z:

Domena katalityczna

C-końcowa domena ma zgięcie typowe[9] dla endonukleaz restrykcyjnych i należy do dużej (ponad 30 członków) superrodziny domen katalitycznych tych enzymów.

Mechanizm autoihnibicji

Dopasowania strukturalne i mutageneza ukierunkowana pozwoliły zidentyfikować w dimerze enzymatycznym domniemane miejsce aktywne z motywem PD..D/EXK. Domena katalityczna w nieaktywnym enzymie (z niezwiązanym DNA) jest przestrzennie zablokowana przez domeny N-końcowe[6].

Przypisy

  1. ↑ Richard J. Roberts: EcoRII. [w:] REBASE - The Restriction Enzyme Database [on-line]. [dostęp 2008-05-28]. (ang.).
  2. ↑ Roberts RJ, Belfort M, Bestor T, et al. A nomenclature for restriction enzymes, DNA methyltransferases, homing endonucleases and their genes. „Nucleic Acids Res”. Apr 1;31. 7, s. 1805-12, 2003. PMID: 12654995. 
  3. ↑ Mücke M., Lurz R., Mackeldanz P., Behlke J., Krüger DH., Reuter M. Imaging DNA loops induced by restriction endonuclease EcoRII. A single amino acid substitution uncouples target recognition from cooperative DNA interaction and cleavage. „J Biol Chem”. Sep 29;275. 39, s. 30631-7, 2000. DOI: 10.1074/jbc.M003904200. PMID: 10903314. 
  4. ↑ Shlyakhtenko LS., Gilmore J., Portillo A., Tamulaitis G., Siksnys V., Lyubchenko YL. Direct visualization of the EcoRII-DNA triple synaptic complex by atomic force microscopy. „Biochemistry”. Oct 2;46. 39, s. 11128-36, 2007. DOI: 10.1021/bi701123u. PMID: 17845057. 
  5. ↑ Anthony J. F. Griffiths: An Introduction to genetic analysis. New York: W.H. Freeman, 1999. ISBN 0-7167-3520-2.
  6. ↑ a b Zhou XE., Wang Y., Reuter M., Mücke M., Krüger DH., Meehan EJ., Chen L. Crystal structure of type IIE restriction endonuclease EcoRII reveals an autoinhibition mechanism by a novel effector-binding fold. „J Mol Biol”. Jan 2;335. 1, s. 307-19, 2003. DOI: 10.1016/j.jmb.2003.10.030. PMID: 14659759. 
  7. ↑ Yamasaki K., Kigawa T., Inoue M., Tateno M., Yamasaki T., Yabuki T., Aoki M., Seki E., Matsuda T., Tomo Y., Hayami N., Terada T., Shirouzu M., Osanai T., Tanaka A., Seki M., Shinozaki K., Yokoyama S. Solution structure of the B3 DNA binding domain of the Arabidopsis cold-responsive transcription factor RAV1.. „Plant Cell”. 12 (16), s. 3448-59, grudzień 2004. DOI: 10.1105/tpc.104.026112. PMID: 15548737. 
  8. ↑ Richard J. Roberts: BfiI. [w:] REBASE - The Restriction Enzyme Database [on-line]. [dostęp 2008-05-29].
  9. ↑ Niv MY., Ripoll DR., Vila JA., Liwo A., Vanamee ES., Aggarwal AK., Weinstein H., Scheraga HA. Topology of Type II REases revisited; structural classes and the common conserved core.. „Nucleic Acids Res”. 35. 7, s. 2227-37, 2007. DOI: 10.1093/nar/gkm045. PMID: 17369272. 

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.