FastPCR
| |
| Autor | PrimerDigital |
|---|---|
| Pierwsze wydanie | 2017 |
| Aktualna wersja stabilna | 6.6.1 |
| Platforma sprzętowa | PC |
| System operacyjny | Microsoft Windows, Linux (Wine) |
| Rodzaj | Program bioinformatyczny |
| Licencja | shareware |
| Strona internetowa | |
FastPCR – pakiet zintegrowanych narzędzi bioinformatycznych wykorzystywanych do projektowania starterów RNA, sond molekularnych oraz oligonukleotydów używanych do łączenia fragmentów DNA w metodzie PCA. Program pozwala także na przeprowadzanie in silico PCR i analizę sekwencji, w tym ich dopasowania oraz wyszukiwanie różnych typów elementów repetytywnych.
Podstawowe cechy programu
FastPCR jest przeznaczony do analizy sekwencji kwasów nukleinowych oraz projektowania starterów i sond molekularnych wykorzystywanych w szeregu technik biologii molekularnej. Dotyczy to różnych modyfikacji techniki PCR (inverse PCR, multiplex PCR, overlap extension PCR, real-time PCR, polymerase cycling assembly (PCA)), jak i technik bazujących na sondach molekularnych, w tym w doświadczeniach z mikromacierzami oraz sond typu molecular beacon.
- Sekwencja zaprojektowanych oligonukleotydów sprawdzana jest pod kątem temperatury topnienia oraz skłonności do tworzenia struktur drugorzędowych typu spinki do włosów, dimerów i G-kwadrupleksów. W przypadku dłuższych oligonukleotydów możliwe jest sprawdzenie złożoności językowej (ang. linguistic sequence complexity). Temperatura topnienia obliczana jest według metody najbliższego sąsiada.
- Opcja in silico PCR pozwala przewidywać możliwość powstania niespecyficznych produktów PCR, przewidywać potencjalne miejsca przyłączenia sond oraz opracować optymalną temperaturę annealingu w reakcji PCR.
- FastPCR umożliwia identyfikację różnych typów elementów repetytywnych, w tym powtórzeń prostych i odwróconych, obecności elementów strukturalnych transpozonów, takich jak LTR i TIR, a także obecność "samosterujących" endonukleaz (ang. homing endonuclease).
- Program pozwala na analizę sekwencji pod kątem procentowej zawartości par GC w stosunku do par AT, oraz modyfikacji tego parametru w postaci proporcji par AT względem par GT, proporcji puryn względem pirymidyn, lub pirymidyn względem puryn. Dostępne opcje uwzględniają także analizę złożoności językowej, analizę obecności miejsc restrykcyjnych oraz tworzenie losowych sekwencji.
Bibliografia
R. Kalendar, D. Lee, AH. Schulman. Java web tools for PCR, in silico PCR, and oligonucleotide assembly and analysis. „Genomics”. 98 (2), s. 137-144, 2011. DOI: 10.1016/j.ygeno.2011.04.009. PMID: 21569836.- Kalendar R, Lee D, Schulman AH. FastPCR Software for PCR Primer and Probe Design and Repeat Search. „Genes, Genomes and Genomics”. 3 (1), s. 1-14, 2009.
Linki zewnętrzne
Content Disclaimer
Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.
- The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
- There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
- It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
- Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
- Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.