.NET Bio

.NET Bio
Скриншот программы .NET Bio
Тип Библиотека для Биоинформатики и Геномики
Автор Microsoft Research
Разработчик Outercurve Foundation
Написана на C#
Операционные системы Linux, macOS, Windows
Аппаратные платформы .NET Framework, Mono
Лицензия Apache License 2.0
Сайт research.microsoft.com/en-US/projects/bio/mbf.aspx

.NET Bio — это библиотека биоинформатики и геномики с открытым исходным кодом, созданная для облегчения загрузки, сохранения и анализа биологических данных. Была разработана для .NET Standard 2.0 и изначально являлась частью Microsoft Biology Initiative в подразделении eScience.

История

.NET Bio изначально была выпущена Microsoft Research под названием Microsoft Biology Foundation (MBF), а затем перевыпущена некоммерческой организацией Outercurve Foundation в качестве свободно распространяемого ПО с открытым исходным кодом под лицензией Apache License 2.0[1].

Возможности

Библиотека состоит из набора объектно-ориентированных классов, написанных на C# для выполнения общих биоинформационных задач, таких как:

  1. Чтение и запись файлов генетических данных в виде выровненных последовательностей, таких как FASTA и GenBank .
  2. Доступ к онлайн-сервисам, таким как NCBI BLAST, для поиска фрагментов последовательностей в существующих базах данных.
  3. Алгоритмы локальных и глобальных выравниваний.
  4. Алгоритмы сборки последовательности, включая параллельную реализацию ассемблера DeNovo[2].

Хотя сама библиотека написана на C#, её можно использовать из любого .NET- совместимого языка и содержит различные примеры использования, в том числе из сценариев IronPython.

См. также

Примечания

  1. ↑ MBF Becomes .NET Bio (англ.) (18 октября 2011). Архивировано из оригинала 20 октября 2011 года.
  2. ↑ PadeNA: A parallel de novo assembler. — ISBN 978-989-8425-36-2. Архивная копия от 3 октября 2020 на Wayback Machine

Ссылки

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.