BacDive

BacDive
Лого сајта BacDive
Садржај
Описинформације о сојевима бактерија и археја
Типови бележених
података		метаподаци
Контакт
Истраживачки
центар		Лајбницов институт DSMZ — Немачка колекција микроорганизама и ћелијских структура GmbH
Примарни изворPMID 26424852
Датум покретања2012. (2012).
Приступ
Веб-сајтhttp://bacdive.dsmz.de/
Веб-сервисhttp://bacdive.dsmz.de/api/

BacDive (Bacterial Diversity Metadatabase) мета је база података бактерија која пружа информације о биодиверзитету бактерија и археја.

Опис

BacDive је извор разних врста метаподатака, као што је таксономија, морфологија, физиологија, окружење и молекуларна биологија бактерија.[1][2][3][4][5] Већина података се ручно обележава и одржава. Верзија од септембра 2015. пружала је информације за око 54.000 сојева.[6] Базу података хостује Лајбницов институт DSMZ — Немачка колекција микроорганизама и ћелијских структура GmbH и припада de.NBI — Немачкој мрежи биоинформатичке инфраструктуре.

Садржај и одлике

База података

Септембра 2015. база података је имала 233 различита поља за унос података, подељена у категорије „Име и таксономска класификација”, „Морфологија и физиологија”, „Култура и услови раста”, „Изолација, узорци и информације о окружењу”, „Апликација и интеракција”, „Молекуларна биологија” и „Доступност соја”. База података је имала око 300.000 уноса, повезаних са одговарајућим сојем и референцом.[6] Подаци се преузимају из унутрашњих описа збирки култура бактерија, зборника које су саставили експерти и примарне научне литературе.

Приступ подацима

Подацима се може приступити или преко GUI-ја или преко веб-сервиса RESTful. Користећи GUI кориснички интерфејс корисник може одабрати између једноставне претраге основних поља као што је таксономија или унос ID-а, или пак користити напредну претрагу у којој је омогућен преглед 35 поља за податке и комплексна претрага комбиновањем неколико поља. Подаци се могу преузети у формату PDF (за поједине сојеве) или CSV формати за веће сетове података (за вишеструке сојеве). Преко веб-сервисног портала Архивирано на веб-сајту Wayback Machine (17. септембар 2016) доступан је не само садржај сајта BacDive већ и референтна листа Prokaryotic Nomenclature Up-To-Date.

Остале базе података

За податке који су ван фокуса сајта BacDive, пружене су везе до других база података на којима је могуће пронаћи повезане податке о сојевима:

Референце

  1. ^ Söhngen, C; Boyke, B; Podstawka, A; Gleim, D; Overmann, J (13. 10. 2013). „BacDive – The Bacterial Diversity Metadatabase”. Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D592—D599. doi:10.1093/nar/gkt1058. 
  2. ^ Fernández-Suárez, X. M.; Rigden, D. J.; Galperin, M. Y. (5. 12. 2013). „The 2014 Nucleic Acids Research Database Issue and an updated NAR online Molecular Biology Database Collection”. Nucleic Acids Research. 42: D1—D6. PMC 3965027 Слободан приступ. PMID 24316579. doi:10.1093/nar/gkt1282. 
  3. ^ Cohan lab (23. 10. 2015). „DSMZ’s BacDive Bacterial Diversity Database”. 
  4. ^ Abu-Jamous, Basel; Fa, Rui; Nandi, Asoke K. (2015). Integrative Cluster Analysis in Bioinformatics. John Wiley & Sons. стр. 448. 
  5. ^ Zhulin, I. B. (1. 8. 2015). „Databases for Microbiologists”. Journal of Bacteriology. 197 (15): 2458—2467. doi:10.1128/JB.00330-15. 
  6. ^ а б Söhngen, C; Podstawka, A; Boyke, B; Gleim, D; Vetcininova, A; Reimer, LC; Ebeling, C; Pendarovski, C; Overmann, J (30. 9. 2015). „BacDive – The Bacterial Diversity Metadatabase in 2016”. Nucleic Acids Research. 44 (Database issue): D581—D585. PMC 4702946 Слободан приступ. PMID 26424852. doi:10.1093/nar/gkv983. 

Спољашње везе

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.