InterPro

InterPro je baza podataka proteinskih familija, domena i funkcionalnih mesta na kojima su nađene prepoznatljive osobine poznatih proteina koje se mogu primeniti na nove proteinske sekvence[1] da bi se funkcionalno karakterisale.

InterPro sadržaj je baziran na diagnostičkim potpisima i proteinima koji im u značajnoj meri odgovaraju. Potpisi se sastoje of modela (jednostavnih vrsta, poput regularnih izraza, ili kompleksnijih, kao što su Skriveni Markovljevi modeli) koji opisuju proteinske familije, domene ili mesta. Modeli su izvedeni iz aminokiselinskih sekvenci poznatih familija ili domena. Oni su naknadno korišćeni za pretragu nepoznatih sekvenci (kao što su one dobijene sekvenciranjem genoma) sa ciljem njihove klasifikacije. Svaki član kolekcije InterPro baza podataka doprinosi različitoj niši, od veoma visokog nivoa, strukturno-bazirane klasifikacije (SUPERFAMILY i CATH-Gene3D) do veoma specifičnih klasifikacija potfamilija (PRINTS i PANTHER).

Vidi još

Literatura

  1. ^ Hunter S, Apweiler R, Attwood TK, Bairoch A, Bateman A, Binns D, Bork P, Das U, Daugherty L, Duquenne L, Finn RD, Gough J, Haft D, Hulo N, Kahn D, Kelly E, Laugraud A, Letunic I, Lonsdale D, Lopez R, Madera M, Maslen J, McAnulla C, McDowall J, Mistry J, Mitchell A, Mulder N, Natale D, Orengo C, Quinn AF, Selengut JD, Sigrist CJ, Thimma M, Thomas PD, Valentin F, Wilson D, Wu CH, Yeats C (2009). „InterPro: the integrative protein signature database”. Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D211—5. PMC 2686546 Слободан приступ. PMID 18940856. doi:10.1093/nar/gkn785. 

Spoljašnje veze

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.