Jmol

Jmol
Jmol je program napisan u Javi za prikazivanje trodimenzionalnih hemijskih struktura.
Programer(i)Jmol razvojni tim
Pisano uJava
OSVišeplatformski
TipMolekulsko modelovanje
LicencaLGPL
Veb-sajtwww.jmol.org i wiki.jmol.org

Jmol je program otvorenog koda, napisan u Javi, za prikazivanje hemijskih struktura u 3D,[1] za čiji rad nisu neophodni dodaci za 3D ubrzavanje.[2] Jmol prikazuje 3D reprezentaciju molekula koja se može koristi u nastavi[3] i u istraživanjima, npr. u oblastima hemije i biohemije. Ovaj besplatni softver otvorenog koda napisan u Javi se može koristiti na Windows-u, Mac OS X, Linuksu i Juniks. Dostupna je i samostalna aplikacija, kao i komplet alata za razvoj, koji se mogu integrisati u druge Java programe, kao što su Bioclipse i Taverna.

Popularno svojstvo je applet koji može da bude integrisan u veb stranice radi prikazivanja molekula na razne načine. Na primer, molekuli se mogu prikazati kao modeli „lopti i štapova“, „prostorno popunjavajući“ modeli, „trakasti“ modeli, etc.[4] Jmol podržava širok opseg molekularnih formata fajlova, uklučujući Protein Data Bank (pdb), kristalografski informacioni fajl (cif), MDL molfajl (mol), i Chemical Markup Language (CML).[5]

Jmol aplet, pored drugih mogućnosti, se može koristiti kao alternativu Čajm pluginu,[3] čiji je razvoj zaustavljen. Mada mnoga svojatava Jmola nisu dostupna u Chime paketu, on nije zamišljen kao sveukupna zamena Chime funkcionalnosti (pre svega, skulpturnog moda). Da bis koristio Chime neophodno je da se instalira plug-in i da se koristi Internet eksploreru 6.0 ili Fajerfoksu 2.0 na Microsoft Windowsu, ili Netskejp komunikatoru 4.8 na Makintoš OS9. Za upotrebu Jmol-a neophodana je Java instalacija, koja se može koristiti na mnoštvu različitih platformi. Na primer, Jmol je potpuno funkcionalan u Mozilinom fajerfoksu, Internet Eksploreru, Operi, Guglovom Hromu i Safariju.

Snimci ekrana

  • Kristalna struktura H/ACA kutije RNP iz Pyrococcus furiosus.
    Kristalna struktura H/ACA kutije RNP iz Pyrococcus furiosus.
  • Prikazana su dva sona mosta hemoglobinskog tetramera (hemo grupa je dole desno).
    Prikazana su dva sona mosta hemoglobinskog tetramera (hemo grupa je dole desno).
  • Fragment transkripcionog faktora TFIIIA, koji formira tri konsekutivna motiva cinkanog prsta, vezan za DNK segment.
    Fragment transkripcionog faktora TFIIIA, koji formira tri konsekutivna motiva cinkanog prsta, vezan za DNK segment.
  • Eubakterijski 70S ribozom iz Thermus thermophilus.
    Eubakterijski 70S ribozom iz Thermus thermophilus.

Vidi još

Reference

  1. ^ Chen, Jim X. (2008), Springer, ур., Guide to Graphics Software Tools, стр. 471, ISBN 978-1-84800-900-4 
  2. ^ Willighagen, E.; Howard, M. (2007), „Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D”, Nature Preceedings, doi:10.1038/npre.2007.50.1, Архивирано из оригинала 30. 01. 2020. г., Приступљено 09. 01. 2014 
  3. ^ а б Herráez, A (2006), „Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue”, Biochemistry and Molecular Biology Education, 34 (4): 7, doi:10.1002/bmb.2006.494034042644 
  4. ^ Herráez, A (2007), Lulu, ур., How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1, стр. 21, ISBN 978-1-84799-259-8 
  5. ^ Willighagen, E (2001), „Processing CML conventions in Java” (PDF), Internet Journal of Chemistry, 4 (4): 1—9 [мртва веза]

Spoljašnje veze

Jmol на Викимедијиној остави.

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.