Berikut adalah Daftar perguruan tinggi swasta di Papua Barat, yang pembinaannya berada di bawah Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia dan Perguruan Tinggi Swasta Keagamaan, yang pembinaannya berada di bawah Kementerian Agama. Daftar ini tidak termasuk Perguruan Tinggi Kedinasan yang pembinaannya berada dibawah masing-masing kementerian/lembaga.
Universitas
Institut
Sekolah Tinggi
- Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Bukit Zaitun, Sorong
- Sekolah Tinggi Agama Islam Al Mahdi, Fakfak
- Sekolah Tinggi Ilmu Administrasi Asy Syafi'iyah, Fakfak
- Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Mah-Eisa, Manokwari
- Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Ottow dan Geissler, Fakfak
- Sekolah Tinggi Ilmu Hukum Bintuni, Teluk Bintuni
- Sekolah Tinggi Ilmu Hukum Manokwari, Manokwari
- Sekolah Tinggi Ilmu Hukum Caritas Papua, Manokwari
- Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Yapis Manokwari, Manokwari
- Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Muhammadiyah Manokwari, Manokwari
- Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Nuuwar, Fakfak
- Sekolah Tinggi Manajemen Informatika dan Komputer Kreatindo Manokwari, Manokwari
- Sekolah Tinggi Teologi Erikson Tritt, Manokwari
- Sekolah Tinggi Theologia GPI Papua, Fakfak
Politeknik
- Politeknik Lengguru, Kaimana
