Penyebab utama konflik ini adalah ketidakstabilan politik dan ekonomi secara umum di Indonesia setelah Soeharto tumbang dan rupiah mengalami devaluasi selama dan seusai krisis ekonomi di Asia Tenggara.[2] Rencana pemekaran provinsi Maluku menjadi Maluku dan Maluku Utara semakin memperuncing permasalahan politik daerah yang sudah ada.[3][4] Karena permasalahan politik tersebut menyangkut agama, perseteruan terjadi antara umat Kristen dan Islam pada Januari 1999. Perseteruan ini dengan cepat berubah menjadi pertempuran dan tindak kekerasan terhadap warga sipil oleh kedua belah pihak.[5] Dua pihak utama yang terlibat konflik ini adalah kelompok milisi agama dari kedua pihak,[6] termasuk kelompok Islamis bernama Laskar Jihad,[7] kelompok Kristen Dari Manado bernama Brigade Manguni dan Angkatan Bersenjata Republik Indonesia.[8]
Lindsey, Timothy (2008). "Adat law, conflict and reconciliation: the Kei Islands, Southeast Maluku". Indonesia, law and society. Federation Press. hlm. 115–146.